Tất cả thành viên đội tuyển Việt Nam đều có kết quả âm tính với Covid-19 đợt đầu tiên. Đợt xét nghiệm tiếp theo sẽ diễn ra vào ngày thứ 6 (23/6) trong 7 ngày cách ly tập trung theo quyết định mới của Bộ Y tế.
Trước đó, đội tuyển Việt Nam di chuyển từ UAE về nước trên chuyến bay số hiệu QH9305 của hãng hàng không Bamboo Airways. Chuyến bay rời UAE từ tối 16/6 và có mặt tại Việt Nam vào sáng 17/6.
Toàn bộ hành khách lên máy bay đều có kết quả âm tính. Đến ngày 19/6, hai hành khách được xác định dương tính Covid-19. Cả hai đều ở khu cách ly tập trung và đã được chuyển đến cơ sở y tế để chữa trị.
Đội tuyển Việt Nam đã hoàn thành việc tiêm vaccine Covid-19 trước khi lên đường sang UAE. Từ ngày 26/5 đến chiều 3/6, đội ở tại khách sạn Swissotel Al Murooj và hạn chế tối đa việc tiếp xúc với người ngoài hay ra khỏi khách sạn trừ việc đi tập, thi đấu. Lần duy nhất đội ra ngoài mua sắm là ngày 1/6 trong 2-3 giờ đồng hồ.
Từ chiều 3/6 đến 16/6, đội di chuyển sang khách sạn do AFC quy định, tuân thủ quy tắc bubble (bong bóng). Đội chỉ sinh hoạt trong khách sạn, di chuyển ra sân tập, sân thi đấu, không tiếp xúc gần với bất cứ ai nằm ngoài phạm vi "bong bóng".
Trên chuyến bay QH9305, đội tuyển Việt Nam được bố trí khoang riêng nằm ở đầu máy bay, giữ khoảng cách 6 hàng ghế với phần còn lại. Đội cũng mặc đồ bảo hộ trong suốt hành trình bay cho đến khi về điểm cách ly.
Đội tuyển Việt Nam cách ly tại một khách sạn ở quận 7, TP.HCM. Mỗi cầu thủ ở một phòng.
Khách sạn cũng bố trí máy chạy bộ, xe đạp tập thể dục để các cầu thủ và ban huấn luyện duy trì sức khoẻ, thể lực. Thực đơn ăn uống được bác sĩ đội tuyển kiểm tra, đáp ứng nhu cầu dinh dưỡng.
Sau khi kết thúc 7 ngày cách ly tập trung, đội tuyển Việt Nam sẽ được về nhà nhưng phải cách ly tại nơi ở thêm 7 ngày, theo dõi sức khoẻ đến ngày thứ 28 kể từ lúc nhập cảnh.